Ametyst je jedním z nejlepších kamenů k použití pro meditaci. Protože barva Ametystu má nejvyšší vibraci třetího oka, může být tento kámen umístěn na tuto oblast k navození meditativního stavu. Účinek Ametystu přechodně uklidňuje všední myšlenkové procesy, které obvykle zaplavují vědomí, aby vědomí mohlo zažít klid.